25 декабря 1876 г. последовало назначение преосвященного Никанора на кафедру епископа Уфимского и Мензелинского, а 12 декабря 1883 г. он за свою блестящую проповедническую и административно-миссонерскую деятельность переведен в Одессу и здесь во внимание к отличному служению и особым пастырским трудам 20 марта 1886 г. возведен в сан архиепископа. 

Деятельность нижегородского архиепископа отличалась смешанным характером; это была деятельность административно-миссионерская, совершавшаяся при ближайшем содействии и непосредственном участии гражданской власти, под особым покровительством царя.